Pipetti tuleks regulaarselt hooldada vastavalt kasutussagedusele, kuid vähemalt iga 3 kuu tagant kontrollida pipetti tolmu ja mustuse suhtes, pöörata erilist tähelepanu selle suukoonusele. Pikaajaline hooldus nõuab pipeti sisemuse puhastamist ning selle peab lahti võtma koolitatud ja kvalifitseeritud personal.
1. Pipeti puhastamine
Sisepuhastuseks tuleb kõigepealt lahti võtta pipeti alumine osa. Lahtivõetud osi tuleks puhastada seebivee, pesuaine või 60-protsendilise isopropüülalkoholiga, seejärel loputada kahekordse destilleeritud veega, kuivatada ja seejärel katta kolvi pind vatitikuga. Kandke õhuke kiht määrdeainet silikooni; tihendid üldjuhul puhastamist ei vaja.
2. Pipettide steriliseerimine
Seda saab steriliseerida tavapärase kõrge temperatuuri ja kõrgsurve steriliseerimise või ultraviolettkiirgusega steriliseerimisega.
3. Saastavate nukleiinhapete eemaldamine pipetist
Leota pipeti alumisest osast lahtivõetud sise- ja välishülsi 95-kraadises puhastuslahuses 30 minutit, seejärel loputa hülsid topeltdestilleeritud veega, kuivata 60 kraadi juures või täiesti kuivaks ning lõpuks pane kolbi. Kandke pinnale määrdeaine (silikoon) ja pange osad kokku.